Поливайте и ни о чем не задумывайтесь. Во-первых, собранная дождевая вода будет отстаиваться в емкостях, в которые Вы ее собираете, во-вторых, графит - это углерод, а углерод неплохое удобрение. Скорее всего, собранная и отстоявшаяся вода будет даже чище, чем дождь, который всю взвесь в воздухе осаждает напрямую в почву.